《药师琉璃光如来本愿功德经》的内容，一方面是令我们学习如何消除身心的病苦，本经的修法可以用很多方法来概括，可以用一个字来概括药师法门——禅。分别包括了如来禅、祖师禅和秘密禅。

如来禅是由定发慧，渐修的方法，从呼吸下手，断惑证真。

祖师禅是心法，以慧摄定，明心见性，顿证菩提。

秘密禅是色法，告诉我们如何在饮食之中修行。

不管我们学佛不学佛，一个人要活下来，离不开饮食、呼吸、睡眠，而药师佛就在饮食、呼吸、睡眠之中告诉我们如何来修秘密禅、如来禅和祖师禅。