小叶紫檀的颜色比较复杂，因为小叶紫檀的颜色并不是固定不变的。在拍卖会上见过明清时期的小叶紫檀家具的人会说是黑色的，刚从市场上淘到小叶紫檀佛珠的人会说是红色的，也有人会说是深紫红色的。到底谁说的对？其实说的都正确。

古印度人将小叶紫檀木料研磨成粉作为一种高级红色染料，用来染红布，在我国古代受印度影响，也有用紫檀做染料的，而文人更喜欢将紫檀粉用在丹青上。

小叶紫檀中含有一种特殊物质紫檀素，这种物质很容易在空气中被氧化而变色。小叶紫檀木料，外面有树皮，树皮里面有一层白皮，这2层能有效防止树干中的紫檀素接触到空气中的氧气，因此小叶紫檀木料在未被加工前，是很地道的橘红色，颜色比较鲜艳，这就是为什么刚刚从佛珠加工车间出来的小叶紫檀佛珠手链的表面颜色是那么红、那么艳。小叶紫檀木料加工成佛珠等产品后，表面完全裸露在空气中，无可避免地被氧气氧化，颜色也就会随时间慢慢变深，这个效果也是很明显的，一般在新珠子加工出来后一个月左右，颜色就会变成深紫色，我们也曾发现过有趣的现象，加工出来的小叶紫檀笔筒，在笔筒筒身被氧化成深紫色时，却发现笔筒底部颜色还是比较偏红，原因就在于底部长期与桌面接触，与桌面形成了一个较为封闭的空间，影响氧化的进程。在小叶紫檀佛珠上也有这种情况出现，一条紫檀佛珠手串，佛塔盖住佛头的那一部分颜色与其他珠子颜色相比，明显要偏红一些，原因是同样的。

小叶紫檀时间越长颜色就会越深，所以明清甚至民国时期的一些家具表面的颜色基本上就是黑色，紫色的色素就很难再见到了，因为颜色深，将紫檀本身具有的纹路也都全部覆盖住了。