显宗和密宗共同的观点当中，最重要的就是三宝，三宝就是佛、法、僧。

密法特别强调三根本——上师、本尊和空行的修法。三根本当中的第一，是莲花生大师等上师；第二，是观世音菩萨等寂静本尊，与普巴金刚等忿怒本尊；第三，是作明佛母、度母等女性本尊空行。

三根本分别有不同的功德与加持：要证悟，要得到胜义谛的成就，必须依靠上师的加持；要增上弘法利生的四种事业，本尊的修法非常重要；要遣除修行过程中的违缘，就需要空行的修法。